火箭队基地的挑战是游戏中期的重要剧情节点。首先需要进入彩虹市的游戏中心，击败大厅内的火箭队成员后调查左侧的海报，按下隐藏开关即可开启通往地下基地的入口。基地共分为四层，地下二层需击败持有电梯钥匙的火箭队成员，随后通过红色电梯前往地下四层击败首领坂木。整个过程需注意队伍中宝可梦的等级和属性搭配，建议携带格斗系或地面系技能应对火箭队常见的毒系和超能力系宝可梦。
地下二层的迷宫结构较为复杂，需按照特定路线通过传送带区域。从初始位置向下行进至第三个房间，击败守卫后取得钥匙，随后返回电梯口。地下四层需连续击败两名火箭队干部才能触发与坂木的对战，其阵容以尼多王和钻角犀兽为主，建议使用水系或草系技能克制。战斗胜利后可获得透视眼镜，用于解决紫苑镇宝可梦塔的幽灵事件。
五之岛的火箭队仓库则需要通过解密进入。在六之岛的点之穴触发剧情后，返回五岛西侧与老爷爷对话获得线索，随后按中、上、左、右、下顺序破解机关。仓库内部需击败多名火箭队成员，最终取得红宝石完成任务。该区域敌人多使用瓦斯弹和阿柏怪，电系和超能力系宝可梦能有效压制。
彩虹市基地与五之岛仓库的挑战均涉及多层迷宫探索，建议提前储备足够的伤药和状态恢复道具。基地内的电脑终端会随机生成密码，需通过观察闪烁的摩斯密码破译，通常由红、绿、紫三种颜色对应数字组合。若遇到卡比兽挡路等障碍，需推进主线剧情获取对应秘传技能后再返回探索。
通过合理规划路线、及时补充物资以及针对性培养宝可梦，可以有效降低攻关难度。完成相关剧情后不仅能解锁后续地图，还能获得关键道具推动游戏进程。
