要在元气骑士中激活专门的boss挑战模式，游戏内提供了一个明确的入口。你首先需要进入客厅外的花园区域，在花园的右上角可以找到一座特殊的墓碑。与这座墓碑互动是开启挑战的关键，但这需要消耗一种名为羽毛的道具。羽毛可以通过完成游戏中的悬赏模式任务来获得。当你拥有羽毛并与墓碑对话后，墓碑会消耗羽毛并为你开启一道传送门，进入这道传送门即可开始挑战难度更高、奖励也更丰厚的boss模式。这个模式独立于普通的地牢闯关流程，专为寻求高强度对决的玩家设计。
除了这个集中的挑战模式，游戏中部分关卡也藏有个别的隐藏boss，激活它们需要满足特定条件。例如在沙漠主题关卡中，隐藏boss守墓甲虫王就需要玩家先击败该关卡的常规boss，之后通往隐藏区域的入口才会开启。进入后通常还需要解开一些环境谜题，比如连接石盘上的图案，才能最终抵达隐藏boss的所在地。另一种情况是像雪人王这样的季节性或活动boss，其激活往往需要玩家先达成一系列前置挑战，例如开启更高的游戏难度、通关对应的雪山地图以及确保联机功能可用，全部条件满足后对应关卡才会升级为精英版本并出现该boss。
游戏里还存在一种通过达成特定成就来解锁与特殊boss对战机会的方式。以隐藏角色气宗为例，玩家需要在守护神殿模式中触发并完成一项名为气宗试炼的挑战。这项试炼本身就需要玩家在神殿模式的随机地图中寻找到特定的挑战房间，击败以boss身份出场的气宗，从而完成不打不相识成就。这个过程虽然主要目的是解锁新角色，但其核心就是一场激活并与特殊boss的对决，可以视为激活特殊boss战的一种变体途径。
游戏版本的更新，新的boss激活机制也可能被引入。一些极其强力的自设boss拥有复杂的解锁链条，例如需要玩家先击败试炼之地的强大敌人，获取特定的神话级蓝图物品，并且在最高难度下携带该物品尝试进入特定模式时，才会触发混沌传送门的开启选项，从而直面拥有多个阶段变化的超级boss。这类激活方式往往与玩家的进度、持有的稀有物品以及所选游戏难度深度绑定，为后期玩家提供了终极的挑战目标。
